通勤費の支給方法について、会社の給与規程等でどのように定めているかによります。出勤日数に応じて通勤費を支給している場合は、欠勤日の通勤費を支給する必要はありませんが、1カ月すべて欠勤した場合は通勤費を支給しないとしている場合は、1日のみ欠勤した場合通勤費を控除することはできません。
通勤定期代として支給している場合は、欠勤1日につき、1日当たりの往復切符代を控除すると社員の負担が大きくなりますので、通勤定期代の1日に相当する額を控除するのであれば問題ありません。
また年次有給休暇取得日の通勤費ですが、通勤費が出勤したことを理由に支給するものであれば、その日の通勤費を控除することは可能です。