特別条項が適用される場合には、現行の制度では延長できる時間の上限がなく、また特別の事情について特に限定されていなかったため、限度時間を超える時間外(特別延長時間)が恒常的に行われ、働きすぎが指摘されていました。
そこで平成16年4月1日から以下の内容で改正が行われます。